Enquanto Ministro dos Transportes, César Borges teve um papel controverso em relação à ViaBahia e as questões relativas à manutenção da BR-324. Em um momento de tensão política, Borges repudiou declarações feitas pelo vice-governador da Bahia, Otto Alencar, que criticava a falta de ação enérgica por parte do Ministério em relação aos problemas na BR-324. Borges negou todas as alegações feitas pelo vice-governador. Esta disputa foi marcada por uma troca de acusações entre os políticos, com Borges refutando as críticas de Alencar e mantendo a posição de que a concessão estava sendo injustamente atacada.